首先，關于投資中借款的使用順序，一般來說，如果存在專門借款，確實應該優先使用專門借款進行投資。這是因為專門借款通常有特定的用途和更低的利率，從而可以降低投資成本。

1. 使用專門借款投資：
專門借款4000元應當先用于投資，因為其利率較低，甚至可能是0利息，這樣可以最大程度地減少利息支出，提高投資回報。

2. 關于利息扣除的問題：
如果投資中需要扣除利息，通常的考慮是利息支出與借款的時間匹配。如果扣除3個月的利息，可能是因為：
- 這是一般借款的條款，要求在投資初期就扣除一定期限的利息。
- 或者是基于現金流管理的考慮，即預計投資在3個月后會產生足夠的回報來覆蓋這部分利息。

為何不是扣除剩余1000元一整年的利息？
這可能取決于借款的具體條款。通常情況下，如果是按年計息，且借款期限為一年，那么可能會在借款初期扣除全年利息。但如果是按季或者按月計息，則可能按期扣除。

- 如果是按季計息，扣除3個月的利息是合理的，因為后續的利息將在投資收益中逐步扣除。
- 如果是按年計息，但借款方要求在借款初期就扣除全年的利息，這可能是為了簡化操作或現金流管理。

總結：
在投資時，應優先使用專門借款。至于利息的扣除，這取決于借款的條款和利息的計算方式。通常，借款方會根據借款的期限和利率來確定利息的扣除時間和方式。

希望上述解釋能夠幫助您理解借款投資中的這些財務安排，如果還有其他疑問，歡迎繼續提問。我會耐心為您解答。