您好！關于您提出的問題，公司應繳納增值稅時未減去購進機動車支付的收購價款中的進項稅額，這可能是由于以下幾個原因：

1. **進項稅額的適用性**：
- 根據中國增值稅法的規定，進項稅額是指企業購進貨物、接受服務時支付的增值稅，這部分稅額可以用于抵扣銷售時產生的銷項稅額。但是，并不是所有的進項稅額都可以直接用于抵扣，其用途和條件是由稅法明確規定的。

2. **特定商品的特殊規定**：
- 對于購進的機動車，可能涉及到一些特殊規定。例如，如果這些機動車是用于非增值稅應稅項目（如非經營性用途），或者是用于簡易計稅方法計稅的項目，那么其進項稅額可能不能直接用于抵扣。

3. **稅務處理的具體情況**：
- 若公司是采用一般計稅方法計稅，且購進的機動車用于應稅項目，正常情況下進項稅額是可以抵扣的。如果未抵扣，可能是因為：
- a. 購進的機動車尚未取得合規的增值稅專用發票，或者發票不符合要求，無法作為抵扣的憑證。
- b. 該筆進項稅額已經用于其他抵扣，或者是在當期的申報中未能正確申報。
- c. 可能存在稅務審計或自查中發現的問題，導致該部分進項稅額暫時不能抵扣。

4. **時間性因素**：
- 進項稅額的抵扣還存在時間限制，必須是在有效期內進行抵扣。如果超過了規定的抵扣期限，那么這部分進項稅額將不能抵扣。

建議您公司具體核實以下情況：
- 檢查購進機動車時取得的增值稅專用發票是否符合規定，是否在有效期內。
- 核實該筆進項稅額是否已經在之前的稅務申報中被正確抵扣。
- 咨詢稅務顧問或稅務局，確認是否有特殊規定或最新政策變動影響到該筆進項稅額的抵扣。

希望我的回答能夠幫助您解決問題，如有其他疑問，請隨時咨詢。祝工作順利！