可以以分包工程不合格拒絕支付全部工程款，但這需要根據具體情況和法律規定來處理。

1. 根據《中華人民共和國合同法》的規定，當一方未按照合同的約定履行義務，另一方有權請求履行或者解除合同，并有權請求損害賠償。如果分包工程確實存在質量問題，不符合合同約定的質量標準，發包方可以要求分包方承擔違約責任。

但是，拒絕支付全部工程款需要根據以下原則進行：

a. 差額支付：如果分包工程部分合格，部分不合格，發包方應按照合格部分支付相應的工程款，對于不合格部分，可以拒絕支付。

b. 修復費用：如果分包方愿意修復不合格的部分，并承擔相應修復費用，發包方應在修復后支付相應的工程款。

2. 在處理分包工程不合格問題時，以下步驟需要遵循：

a. 驗收：發包方應在工程驗收階段，對分包工程進行質量檢查，確保工程符合約定質量標準。

b. 通知：如發現質量問題，發包方應及時通知分包方，并要求其在規定時間內進行整改。

c. 證據收集：在處理質量問題時，雙方應收集相關證據，以便在糾紛解決時提供依據。

3. 注意事項：

a. 在簽訂分包合同時，應明確約定質量標準和驗收標準，以便在發生質量問題時有明確的依據。

b. 如果分包方拒絕修復或無法在規定時間內完成修復，發包方可以拒絕支付相應工程款，并有權追究分包方的違約責任。

總之，在處理分包工程不合格問題時，應遵循法律規定，按照合同約定進行處理。在確保自身權益的同時，也要注意維護雙方的合法權益。如有疑問，建議咨詢專業律師。希望以上解答對您有所幫助。