首先，關于甲類中間倉庫在二層丙類廠房中的設置問題，根據中國現行的《建筑設計防火規范》（GB50016-2014）：

1. 甲類中間倉庫應當設置在廠房的首層。這是因為甲類倉庫屬于易燃易爆物品存放區，為了便于火災時的緊急疏散和撲救，以及考慮到安全疏散的需要，應盡量設置在建筑物的首層。

對于二層設置的丙類廠房，若在其中設置甲類中間倉庫，應遵循以下原則：
- 首選首層設置，若條件限制，需要在二層設置時，應嚴格按照防火規范要求，采取嚴格的安全隔離措施和防火分隔措施。

2. 至于甲類廠房的設置：
- 甲類廠房由于其火災危險性和爆炸危險性，通常應獨立設置，避免與其他類別的廠房混合建設。
- 若必須與其他類別的廠房共建，甲類廠房也應位于首層，并采取有效的防火分隔措施，確保安全。

以下是回答的詳細解釋，以確保提問者能夠完全理解：

- **安全規定考慮**：甲類倉庫存儲的是易燃易爆物品，安全規定嚴格。設置在首層有利于火災時人員的快速疏散和消防人員撲救。
- **建筑規范遵循**：《建筑設計防火規范》對甲類倉庫的位置有明確規定，必須遵守以保障建筑安全。
- **實際操作建議**：在設計時，應考慮實際操作的可能性，比如運輸、疏散、消防設施的布局等，這些都是決定倉庫設置位置的重要因素。

總結：

在回答您的問題時，我們遵循了國家現行的防火規范，并考慮了安全與實際操作的需求。甲類中間倉庫在二層丙類廠房中應優先考慮首層設置，若不得不在二層設置，必須采取額外的安全措施。甲類廠房則應獨立設置，并盡量位于首層。

請您在設計或建設過程中，務必按照相關規范執行，確保建筑安全。如有其他疑問，歡迎繼續提問。祝您工作順利！