您好！關于您提出的問題，我將根據我國現行的《建筑設計防火規范》來幫您分析：

首先，根據規范，一級丙類多層廠房的防火分區面積最大為6000平方米，您提到的該廠房每層面積為5625平方米，確實可以劃分為一個防火分區。

其次，關于二層中間倉庫面積280平方米，小于二層面積5%的問題。這里需要明確，防火分區劃分不僅僅取決于面積比例，還需要滿足以下條件：

1. 防火分區的劃分應使建筑物在發生火災時，不致影響其他分區或相鄰建筑物。
2. 防火分區內的火災危險性應相同。

對于倉庫的設置，規范要求倉庫應設置在獨立的防火分區內，且倉庫面積不應超過所在防火分區面積的10%。您提到的二層中間倉庫面積280平方米，看似小于二層面積的5%，但如果該倉庫所在的防火分區內還有其他火災危險性較高的區域，那么這個比例就不適用。

此外，倉庫的設置還需滿足其他要求，如倉庫與生產車間的距離、疏散通道的設置等。因此，即使面積比例符合要求，也有可能因其他因素導致不符合防火規范。

綜上所述，您提到的印刷廠二層中間倉庫面積雖然小于二層面積的5%，但可能存在其他原因導致不符合防火分區要求。建議您詳細檢查防火分區內的火災危險性、疏散通道、倉庫與車間的距離等因素，以確保符合規范要求。

希望我的回答對您有所幫助，如有其他疑問，請隨時提問。祝您工作順利！