首先，對于高層公共建筑的防火分區劃分，需要遵循我國現行的《建筑設計防火規范》。根據規范，防火分區的劃分是為了有效控制火災蔓延，確保人員安全疏散。

對于您的問題，如果每層建筑面積為1000平米，共六層，且每三層劃分一個防火分區，理論上是可以的。但具體是否可行，還需要考慮以下因素：

1. **自噴系統的設置：** 自噴系統（自動噴水滅火系統）的設置會影響防火分區的劃分。如果自噴系統覆蓋整個建筑物，那么可以根據規范，每個防火分區的最大允許建筑面積可以適當增加。

2. **防火分區面積限制：** 根據《建筑設計防火規范》，高層公共建筑每個防火分區的最大允許建筑面積通常有限制。若每個防火分區的面積不超過規范限制，則可以按照您的提議進行劃分。

3. **建筑物的使用性質：** 不同的建筑物使用性質，其防火分區的劃分要求可能不同。需要根據具體的使用性質來確定防火分區的劃分。

以下是具體的回答：

根據以上分析，如果您的建筑物滿足以下條件，則可以三層劃分一個防火分區，共劃分為兩個防火分區：

- 每個防火分區的面積不超過規范中規定的最大面積限制；
- 自噴系統能夠有效覆蓋每個防火分區；
- 建筑物的使用性質允許這種劃分方式。

建議您在具體實施前，咨詢專業的建筑師或消防工程師，對建筑物的防火分區進行詳細設計和評估，確保符合國家防火規范的要求。

請您在進行防火分區設計時，務必重視消防安全，嚴格按照相關法規和標準執行，以確保人民群眾的生命財產安全。如有其他疑問，歡迎繼續咨詢。