尊敬的老師，您好！針對您的問題，我進行了以下檢索和研究：

1. 根據《建筑設計防火規范》（GB50016-2014）的規定，二類高層建筑的地下室與樓上部分，在一定條件下需要設置安全門。具體來說，如果地下室與樓上部分存在人員密集場所、易燃易爆物品存放場所等，應當設置安全門。

2. 關于地下室層高及面積的考慮，以下是一些建議：
- 層高：地下室的層高應滿足消防、通風、排水等設施設備的要求，同時應考慮人員的舒適度。一般來說，地下室層高不宜低于2.8米。
- 面積：地下室面積應根據建筑功能、人員密度等因素進行合理規劃。同時，應確保地下室出口、通道等寬度符合消防規定。

綜合以上信息，回答您的問題：

1. 二類高層建筑地下室與樓上部分是否必須設置安全門？
在地下室與樓上部分存在人員密集場所、易燃易爆物品存放場所等情況下，需要設置安全門。

2. 是否考慮地下室層高及面積？
是的，地下室層高及面積需要根據消防、通風、排水等要求進行合理規劃。

希望以上回答能夠幫助到您，如有其他疑問，請隨時提問。祝您工作順利！