您好！關于您提出的問題，這里提供一個詳細的解答。

根據中國現行的《建筑設計防火規范》（GB50016-2014）以及相關的安全生產法律法規，廠房的分類主要是根據其生產過程中使用物質的火災危險性和爆炸危險性來劃分的。一般分為甲、乙、丙、丁四類，其中甲類危險性最高。

對于您的問題，如果一個乙類生產廠房內存放的甲類物品面積超過整個廠房面積的5%，那么按照以下原則進行判定：

1. 如果甲類物品是臨時存放，并且采取了有效的隔離、防火措施，確保了安全生產，那么廠房的類別仍然是乙類。

2. 如果甲類物品是長期存放，或者雖為臨時存放但未采取相應的安全措施，那么存放區域需要按照甲類廠房的標準進行管理。此時，整個廠房是否需要重新劃分為甲類，需要根據以下幾個因素綜合考慮：
- 甲類物品存放的總量和面積比例
- 甲類物品與其他物品的隔離情況
- 廠房的安全設施是否符合甲類廠房的要求

綜上所述，如果僅僅是存放面積超過5%，并不能直接判定廠房類別變為甲類。關鍵在于甲類物品的存放是否是長期、是否采取了必要的安全措施以及是否符合甲類廠房的安全要求。

希望這個回答能夠解決您的疑惑，如有其他問題，歡迎繼續咨詢。祝您工作愉快！