建筑工程施工現場衛生與防疫工作應遵循以下原則：

1. 建立健全衛生防疫制度：制定衛生防疫制度和操作規范，明確責任人員和操作流程，確保施工現場的衛生防疫工作有序開展。

2. 加強施工現場衛生管理：保持施工現場的清潔衛生，及時清理垃圾、污水等，避免污染環境。加強消毒工作，對施工現場、辦公室、生活區等進行定期消毒，確保環境衛生。

3. 加強施工人員健康管理：建立健康檔案，對施工人員進行體溫檢測和健康監測，發現異常情況及時隔離和處理。加強個人衛生宣傳教育，提高施工人員的衛生意識和自我保護能力。

4. 加強施工現場安全管理：加強施工現場安全管理，確保施工人員的人身安全。加強工器具、設備等的安全管理，防止安全事故發生。

5. 充分發揮監理單位的監督作用：監理單位應加強對施工現場衛生防疫工作的監督和檢查，及時發現問題并提出整改意見。同時，監理單位也應加強自身的防疫工作，確保監理人員的健康安全。