根據消防安全相關規定和實踐經驗，對于廠房每層物質火災危險性不同的情況，防火分區的劃分原則通常是：

1. 分開劃分：如果廠房內每層的物質火災危險性有顯著差異，應當根據每層的具體情況進行分開劃分。這是因為不同火災危險性的物質可能需要不同的防火措施和滅火設備。分開劃分可以確保每個分區都采用最適合其內部物質特性的防火措施，提高火災的防控效果。

例如，一層存放易燃液體，而另一層存放不易燃物品，那么這兩層應當分別設置防火分區，并采用不同的防火墻和滅火系統。

2. 統一劃分的考慮：在某些情況下，如果各層之間的火災危險性差異不大，或者采取統一的安全措施能夠滿足所有樓層的防火要求，也可以進行統一劃分。但這需要專業評估，確保統一措施能夠覆蓋所有潛在風險。

這種情況下，統一劃分可以簡化管理，但同時要確保不會因為統一而忽視了某些特定樓層可能存在的特殊火災風險。

綜上所述，防火分區的劃分應當基于以下原則：

- 確保消防安全：以最大程度降低火災風險和減少火災損失為前提。
- 合理考慮差異性：根據每層物質的火災危險性進行科學劃分。
- 遵循國家標準：參考國家相關消防安全法規和標準進行分區。

因此，對于您的問題，建議采取的是根據每層物質的火災危險性分開劃分防火分區的方法。這樣做能更有效地針對不同火災風險采取相應措施，確保廠房的消防安全。

請您在進行防火分區劃分時，務必咨詢專業的消防安全專家，依據具體情況進行合理規劃。希望我的回答對您有所幫助。如有其他疑問，歡迎繼續提問。